1. 研究目的与意义
跨膜蛋白在细胞的新陈代谢、信号传输、能量产生等方面都发挥着很重要的作用。人类基因组中有大约20%-30%的基因用于跨膜蛋白质的编码。这也就意味着跨膜蛋白结构的总个数大约在5000-6000左右,但是因为在表示、提纯、信息提取等方面存在着诸多难题,通过实验测定的跨膜蛋白数量在PDB(Proteindatabank)中仅占所有结构的1.5%。高分辨率的跨膜蛋白结构的测定速度难以满足科学研究和医药行业的需要。在这种缺少高分辨率的跨膜蛋白的情况下,跨膜蛋白的预测便显得尤为重要。因为我们可以很容易的从其拓扑结构中推测出跨膜蛋白的功能,这样便可以为跨膜蛋白的研究提供很重要的帮助。
拓扑结构预测是指以氨基酸序列作为输入,输出各氨基酸的拓扑结构状态标签。典型的拓扑结构状态有:哪些区域是跨膜螺旋,哪些区域是卷曲;区分哪些是膜内螺旋,哪些是膜外螺旋。
很多机器学习方法都曾被使用于拓扑结构预测,如:隐马尔可夫模型、神经网络、动态贝叶斯、支持向量机等。。
2. 研究内容和预期目标
步骤一:前期准备
1.下载并安装Matlab:http//cn.mathworks.com/products/matlab
2.下载并安装Libsvm:http//www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm
3. 研究的方法与步骤
1.研究工具:MATLAB(举证实验室)和SVM(支持向量机)
2.研究步骤:
(1)需求分析
4. 参考文献
1.GeorgeFranciscus,Nexcel,构建基于XML的消息服务器,
2.李应伟.姚素霞.景丽编著.ASP.NET数据库高级教程.C#篇.北京-清华大学出版社.2004.
3.罗斌.倪虹霞等编著.VisualC#2005 Access数据库开发经典案例.北京.中国水利水电出版社.2008.
5. 计划与进度安排
(1)2015.2.1----2015.3.1查阅资料,撰写开题报告
(2)2015.3.2----2015.3.15需求分析,熟悉开发工具
(3)2015.3.16----2015.3.25概要设计
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