亚洲玉米螟基因组注释及比较基因组学分析开题报告

 2023-02-17 09:33:37

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

本课题意义:亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis (Guene) 是我国玉米生产上的主要害虫。

亚洲玉米螟在我国主要分布在东部由黑龙江至广东的广大地区[1]。

亚洲玉米螟是多食性害虫,寄主范围广,相关研究表明,亚洲玉米螟的寄主植物有有9科27种,除危害玉米外,还能取食谷子、薏苡、酸模叶蓼、葎草、苍耳等多种农作物和杂草[2]。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:1、完成玉米螟的基因组注释2、完成比较基因组学分析3、完成基因家族扩增与收缩分析,明确其扩增的基因家族研究内容:1、对玉米螟基因组进行注释2、开展组学数据层面的比较基因组学分析3、开展基因家族的功能扩增与收缩分析拟解决的关键问题:1、获得玉米螟基因组的注释结果

3. 研究的方法与方案

研究方法:重复序列注释方法有根据序列比对和从头预测两大类。

序列比对法是根据相似性程度在基因组中识别同源的重复序列。

从头预测方法利用重复序列的结构特征在基因组中进行预测,使用的软件有Repeatscout等。

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4. 研究创新点

获得亚洲玉米螟基因组注释结果。

获得亚洲玉米螟的OGS及明确其扩增的基因家族。

5. 研究计划与进展

2017.9-2017.12采用OMIGA计算流程对亚洲玉米螟基因组进行注释。

2018.1-2018.3开展比较基因组学分析和基因家族扩增与收缩分析。

2018.3-2018.4分析数据,整理结果。

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